برنامه های مسجد موسی بن جعفر علیه السلام پس از اقامه نماز جماعت مغرب و عشاء در طی هفته به شرح ذیل اعلام می گردد:
شنبه؛ اقامه ی یک شبانه روز نماز قضا
یکشنبه ؛ منبر با موضوع احکام شرعی از جمله نماز جماعت
دوشنبه ؛ مجلس روخوانی قرآن کریم توسط استاد ندایی(روال قبل)
سه شنبه ؛ قرائت دعای توسل
چهارشنبه ؛ منبر در خصوص تفسیر قرآن و مسائل روز کشور
پنجشنبه (شب جمعه) ؛ قرائت دعای پرفیض کمیل توسط برادر جوزی زاده (روال قبل)
همچنین جمعه صبح محفل انس با امام زمان عجل الله تعالی فرجه الشریف و منبر در خصوص مهدویت و قرائت دعای ندبه برگزار می شود و غروب جمعه نیز قرائت دعای سمات پیش از نماز جماعت مغرب و عشاء انجام می شود.
برگزاری نماز والدین بعد از نماز جماعت ظهر و عصر روز پنچشنبه از دیگر برنامه های هفتگی مسجد می باشد.
کلاسهای قرآنی خواهران متعاقبا اطلاع رسانی خواهد شد.